Například v Qt jsou skiny realizovány jako binární pluginy pro Qt framework. Proto je nutné, aby byly skinový plugin i Qt ve stejné verzi. Flatpak a spol. by tedy mohly nestandardní skiny podporovat jen za předpokladu, že by byla flatpaková aplikace dodávána se stejnou verzí Qt jako systém. To ale popírá celý význam samonosných balíčků, které právě na ničem systémovém záviset nemají. Flatpak to řeší tak, že některé běžné skiny dodává v rámci runtimů.
V Gtk3 jsou skiny tuším řešené čistě přes CSS, takže by s tím v principu nemusel být problém ani pro Flatpak a spol. Potíž je ale v tom, že různé podverze Gtk3 zachází s definicemi skinů trochu jinak takže téma funkční třeba v Gtk 3.22 se v Gtk 3.24 může rozsypat.